Агент Смит успява да избяга от Матрицата и отново събира сили да елиминира Нео. И не само него. Самите машини са застрашени от растящата му мощ. Морфеус решава да се върне в човешкия град, но освободеният Нео и Тринити вярват, че тяхната съдба е другаде....