В "Мъже в черно 3" агентите Джей (Уил Смит) и Кей (Томи Лий Джоунс) се завръщат... във времето. През последните 15 години работа в тайната агенция за борба с извънземни Джей е видял доста необясними неща, но вероятно нищо не остава по-загадъчно от вечно намусения му и затворен партньор. Но когато животът на Кей и съдбата на планетата са поставени на карта, Джей ще трябва да се върне в миналото, за да предотврати надвисналата в настоящето опасност. В това ново и вълнуващо приключение Джей ще открие, че има тайни, за които Кей никога не му е споменавал – тайни, които започват да излизат наяве след като Джей става комбина с младия агент Кей (Джош Бролин), като новосформираното дуо трябва да спаси бъдещето на агенцията им и това на цялото човечество.